二世帯住宅は固定資産税の減税対策になる？税金の軽減措置などを徹底解説

固定資産税とは？

二世帯住宅を建てるとかかる税金の一つに固定資産税があります。まずは固定資産税とはどのような税金か具体的に見ていきましょう。

固定資産税は土地や建物にかかる税金

固定資産税とは、毎年１月１日時点で、土地や家屋、償却資産などの不動産や事業用資産を所有している人に課される地方税の一つ。納税先は国ではなく、市区町村（東京都23区の場合は都）となり、その地域の公共サービスやインフラ整備の財源に充てられます。評価額は固定資産評価基準に基づいて市区町村が決定します。

固定資産税はその評価額に標準税率1.4％を乗じて計算します。しかし、住宅用地や新築住宅に対しては軽減措置が用意されており、実際の税額はケースによって大きく変わります。また、納税通知書は毎年４月から６月頃に送付され、多くの自治体では年４回に分けて分納するのが一般的。固定資産税は、資産を所有し続ける限り発生するため、二世帯住宅の建築・相続を検討する際には、その負担額を把握しておきましょう。

固定資産税の計算方法

固定資産税の算出は、固定資産税評価額に所定の税率を乗じて計算します。

計算式：固定資産税評価額 × 1.4％

「固定資産税評価額」とは、不動産（固定資産）の価格を基準として算定される金額です。総務大臣が定める「固定資産評価基準」に基づき、各市町村長や都道府県知事が評価をおこない、その結果を課税台帳に登録したものが評価額となります。

なお1.4％は、法律で定められた標準的な税率ですが、実際には各市区町村が条例で税率を定めているため、地域によって異なる可能性も。そのため、実際に不動産にかかる税率を正確に把握したい場合は、対象となる市区町村の公式ホームページを確認するか、役所の税務担当窓口に直接問い合わせましょう。

また、評価額は市場価格そのものではなく、課税の基準となる価格のため、注意しましょう。土地や建物の評価は、適正さを保つために３年ごとに評価替えが実施され、最新の状況に応じて見直しがおこなわれています。

二世帯住宅の登記形態と固定資産税の減税制度

固定資産税の基本がわかったところで気になるのが、二世帯住宅の場合は固定資産税が高くなるのか、それとも減税されるのか、ということでしょう。実は、二世帯住宅でも登記の形態により、適用される減税措置やその効果が大きく変わります。本章では、登記の種類ごとの特徴を整理し、それぞれに応じた固定資産税の軽減制度を見ていきましょう。

二世帯住宅の登記の種類

二世帯住宅を建築した際には、建物や土地に対する所有権をどのように登記するかを決める必要があります。固定資産税はその名義人が納税者となり、登記の仕方は税負担に直結する重要事項です。主な方法は「単独登記」「共有登記」「区分登記」の３種類で、それぞれにメリットや注意点がある点を把握しておきましょう。

単独登記

単独登記は、住宅全体を一人の所有とする形態です。例えば親が土地を持ち、住宅も親名義にした場合は親が納税義務を負います。反対に、子の名義で登記されていれば、親が資金を出しても税金を納めるのは子になるでしょう。

なお、この方法は相続や贈与の扱いに注意が必要です。資金負担と名義人が一致しない場合には、贈与税や将来の相続税の問題が生じる可能性があるため、注意しましょう。

共有登記

共有登記は、住宅を一戸とみなしつつ、親と子がそれぞれ持分を設定して名義を分ける方法です。出資割合に応じて所有権が登記されるため、不公平感が少なく、資金を負担した分だけ権利を持てます。この形態では、基本的に贈与税が発生しないため、親子で共同出資して住宅を建てる場合に選ばれるでしょう。

区分登記

区分登記は、住宅を二戸の独立した住居とし、親と子がそれぞれ自分の居住部分を所有する形態です。利用できるケースは、玄関やキッチン、浴室などを完全に分離し、内部で行き来できない「完全分離型」の二世帯住宅に限られます。一部共用部分がある場合は適用できず、その場合は単独または共有登記を選ばなければなりません。ただし、完全分離型でも区分登記に限定されるわけではなく、単独や共有の選択も可能です。

二世帯住宅を計画する際には、資金の出し方や将来的な相続を見据えて、どの登記方法が適しているかを検討しましょう。

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土地に対する固定資産税の軽減措置

土地を所有すると、毎年固定資産税が課されますが、住宅用地は税負担を緩和するための特例が設けられています。この制度は、住宅一戸あたりの敷地面積を基準にして減額幅が決まる仕組みです。特に二世帯住宅の場合は、登記の形態によって「一戸と扱われるか」「二戸と認められるか」が変わり、その結果、軽減される面積の上限にも違いが生じる点に留意しましょう。

単独登記・共有登記の場合

親子が一緒に住む二世帯住宅でも、建物を一戸の住宅とみなし、単独登記または共有登記をおこなった場合には、通常の一戸建てと同じルールが適用されます。

土地面積のうち200平方メートルまでの部分は評価額が１／６に、200平方メートルを超える部分は評価額が１／３になります。そのうえで税率1.4％をかける計算です。

計算式：固定資産税評価額 ×（１／６もしくは１／３）× 1.4％

新築住宅なら原則３年間適用され、所有者の税負担を大幅に抑える効果を期待できます。

区分登記を選んだ場合

二世帯住宅を完全分離型として建て、内部を行き来できない構造とし、かつ区分登記をおこなった場合には、１つの建物でも二戸と認められます。このケースでは、住宅用地の特例も二戸分が対象となるため、上限の土地面積が倍の400平方メートルに拡大されるでしょう。

こちらも新築後３年間は適用されるため、特に広い土地を利用する場合、単独登記や共有登記に比べて税金の軽減効果が大きくなる点が特徴です。ただし、完全分離型でも、建物の構造が要件を満たさなければ、区分登記は認められません。

このように、固定資産税の軽減措置は、同じ二世帯住宅でも登記の仕方で結果が大きく異なります。土地面積や家族のライフプランを考慮し、どの方法が有利かを見極めましょう。

建物に対する固定資産税の軽減措置

固定資産税は土地だけでなく建物にも課税されますが、この場合も税負担を軽くするための減額措置が用意されています。登記の方法で「一戸扱いになるか」「二戸と認められるか」に分かれ、それぞれ適用される減免内容が異なります。

単独登記・共有登記の場合

二世帯住宅でも一戸の住宅で単独または共有登記をした場合は、一般的な新築住宅の軽減措置が適用されます。

親子で同居しつつも内部で自由に行き来できるタイプや、一部を共用するタイプの二世帯住宅は、多くがこのパターンで計算されるでしょう。その場合、戸数は一つとみなされる点に注意が必要です。

区分登記の場合

一方、二世帯住宅を完全分離型で建て、内部でつながりのない構造にし、区分登記をした場合は、建物が二戸と認められます。

区分登記をした場合、税負担の軽減効果が大きい点が特徴です。二戸扱いになると合計の優遇幅が拡大するため、広い延床面積を確保した二世帯住宅を計画している家庭には、大変有利な選択肢になるでしょう。

このように、建物に対する固定資産税の減額制度は、登記形態によって受けられる恩恵が大きく異なります。税負担を少しでも抑えるためには、建物の構造や利用形態を踏まえて、どの登記方法が適切かを慎重に検討することが重要です。なお、この軽減措置は、2026年３月31日までとされている点に注意しましょう。

二世帯住宅の場合、固定資産税は誰が負担する？

二世帯住宅で誰が固定資産税を負担するのかは、建物や土地の登記の形態によって変わります。固定資産税は、所有者に課される税金で、納税義務者は不動産の登記簿に記載された名義人です。そのため、誰が所有者となっているかで納税義務が明確に決まります。

それぞれの固定資産の納税義務者は以下です。

例えば、親が単独で所有している二世帯住宅なら、固定資産税を納める人は親です。一方、親と子が共同名義で登記している場合には、それぞれの持分割合に応じて固定資産税を分担することが原則になります。

ただし、実務上は市区町村から送付される納税通知書が代表者に対して一括で届くため、この限りではありません。実際の支払いは代表者がおこない、そのあとに持分に応じて負担を分け合うケースが多く見られます。

また、二世帯住宅を「区分登記」で親世帯部分と子世帯部分に分けて所有している場合には、それぞれ独立した不動産の扱いとなります。そのため、各所有者は自分の持分に応じて固定資産税を納付しましょう。反対に「共有登記」なら、課税対象は一つの建物と土地の扱いになり、共有者全員が連帯して納税義務を負います。

このように、二世帯住宅の固定資産税の支払いは、建物や土地の登記方法によって取り扱いが変わる点に注意しましょう。二世帯住宅を建てる際や購入する際には、固定資産税の納税義務者が誰になるのかを把握したうえで登記方法を選択し、家族間であらかじめ取り決めをしておくと安心です。

二世帯住宅の固定資産税を払う時の注意点

二世帯住宅を所有すると、毎年欠かさず納めなければならない固定資産税ですが、税額そのものが高額な場合も多く、申請や期限など状況に応じて注意すべきポイントがあります。うっかり手続きを忘れたり、支払いが遅れると余計な負担につながりかねません。本章では、二世帯住宅の固定資産税を支払う際に気をつけるべき点を解説します。

軽減措置は申請が必要になる

新築や購入したばかりの住宅には、一定の条件を満たすと固定資産税の軽減措置が用意されています。ただし、これは自動的に適用される制度ではありません。原則、不動産の所有者が市区町村役場、東京23区内であれば都税事務所に申請をおこなう必要があります。

申請期限は、新たに所有した年の翌年１月31日までが一般的です。必要書類は「住宅用地等申告書」やその他の確認資料が求められ、自治体によって細かいルールや必要書類が異なる場合があるため、事前に担当窓口に問い合わせましょう。特に、二世帯住宅は登記方法によって減額の内容が変わるため、事前に自治体で手続き内容の確認が必要です。

支払い期限を過ぎると延滞税が発生する

固定資産税は年に数回の分割払いが認められていますが、自治体ごとに定められた納付期限を守らなければなりません。もし期限を過ぎると、本来の税額に加えて延滞税が課されてしまいます。延滞税の割合は期間によって異なり、以下のとおりです。

• 納期限の翌日から１カ月以内：年率2.4％
• 納期限の翌日から１カ月経過：年率8.7％
  ※2022年１月１日から2025年12月31日まで

二世帯住宅のように土地や建物の評価額が高い場合は、固定資産税そのものが高額になりやすいため、延滞税も無視できません。支払い方法は金融機関やコンビニ、口座振替など複数から選べるため、期日をカレンダーに記録しておき、計画的に納付しましょう。

名義人が亡くなった場合は相続人全員に納税義務が生じる

固定資産税は所有者に課せられる税金ですが、名義人が亡くなると相続人全員に連帯して納税義務が移ります。例えば、親が名義人の二世帯住宅に長男が住み続けていて、相続人が長男と次男だとしましょう。

そうすると、両者に納税義務が発生し、居住していない相続人にとっては負担感が大きく、トラブルの原因になる場合も少なくありません。この状況を避けるには、相続発生後に不動産の名義変更をおこない、所有者を一人に確定させる必要があります。

名義変更は法務局で相続登記をすれば完了です。さらに2024年４月からは相続登記が義務化されており、相続開始から３年以内に手続きを済ませなければなりません。登記を怠ると10万円以下の過料が科される可能性があります。過去に相続が発生してまだ登記をしていない場合も対象となるため、早めに手続きを完了させましょう。

二世帯住宅を建てる場合に利用できるその他の税制優遇措置

二世帯住宅を建てる際には、固定資産税の軽減措置だけでなく、さまざまな税制優遇を利用できる可能性があります。建築や購入には大きな費用がかかるため、これらの制度を理解し上手に活用することで、初期費用や将来の税負担を大きく軽減できるでしょう。

本章では固定資産税に加え、利用できる軽減制度を解説します。

不動産取得税の軽減制度

不動産取得税は、土地や住宅を購入・新築した時に課される地方税です。毎年納める固定資産税とは異なり、取得した時点で一度だけ支払う仕組みになっています。課税額は次の計算式で求められます。

固定資産税評価額 ×４％

※2027年３月31日までは軽減措置が適用され３％

一定の条件を満たす居住用住宅には、大幅な控除が適用されるため要件を把握しておきましょう。

具体的には、床面積が50平方メートル以上240平方メートル以下の一般的な住宅は、評価額から1,200万円を差し引いた額に４％（軽減措置適用時３％）を乗じて税額を算出します。計算式は以下のとおりです。

（固定資産税評価額 － 1,200万円）×４％

例えば、建物の評価額が3,000万円の場合は次のとおり。
（3,000万円 － 1,200万円）×４％ ＝ 72万円
本来の3,000万円 ×４％ ＝ 120万円と比べて48万円も軽減されます。

二世帯住宅の場合、完全分離型で区分登記をおこない「二戸」と認められると、この控除が２倍に拡大されます。つまり、一戸あたり1,200万円の控除が２戸分で2,400万円差し引かれるため、より大きな減税効果を期待できるでしょう。計算式は以下のとおりです。

（固定資産税評価額 － 2,400万円）×４％

仮に評価額が4,800万円なら、（4,800万円 － 2,400万円）×４％ ＝ 96万円となり、控除がない場合の計算額192万円から半分に抑えられる計算です。

なお、長期優良住宅に認定された場合は、控除額がさらに拡大することも。また、土地の取得でも軽減制度は存在しますが、計算は複雑で条件によって大きく変わるため、専門家や自治体窓口で確認するようにしましょう。

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居住中に利用できる減税制度

二世帯住宅を建てて実際に住み始めたあとも、税負担を軽減できる制度があります。その代表例が、「住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）」です。年末時点でのローン残高に一定割合をかけた金額を所得税から差し引ける仕組みで、13年間にわたり適用されます。2022年の改正により、従来の1.0％から0.7％へと控除率は引き下げられましたが、控除期間は延長されており、長期的に見ると依然として大きな恩恵を受けることが可能です。

新築住宅に入居する場合、2022年から2023年にかけて居住を開始した人は13年間、0.7％の控除を受けられます。また、2024年以降に長期優良住宅やZEH水準省エネ住宅など性能評価を満たされている住宅に入居した人は、引き続き13年間の間控除を受けることができます。

控除を受けるには条件もあり、主な要件は以下のとおりです。

• 自ら住む住宅
• 床面積が原則50平方メートル以上（所得1,000万円以下なら40平方メートル以上に緩和）
• ローンの返済期間が10年以上ある
• 引渡しから6カ月以内の入居
• 控除を受ける年の合計所得が2,000万円以下

続いて、控除額を見ていきましょう。2024年以降に入居し、新築・買取再販の場合の具体的な控除額は以下のとおりです。

実際の軽減効果を計算してみましょう。例えば、借入残高が3,000万円の場合。
3,000万円 × 0.7％ ＝ 21万円

上記の金額がその年の所得税から差し引かれます。
これが13年間続けば、合計で273万円の減税となります。

さらに、省エネ性能に応じて控除額の上限が変わる点も注目すべきです。長期優良住宅や低炭素住宅なら年間35万円まで、13年間で合計455万円の控除に。ZEH水準の住宅は上限31.5万円、省エネ基準適合住宅は28万円、それ以外の住宅は21万円が上限です。性能の高い住宅ほど、優遇幅が大きくなります。

ただし、控除額は年ごとの残高に基づいて計算されるため、ローン返済が進むにつれて実際に差し引かれる金額は徐々に減少していきます。将来の税負担を把握するには、金融機関が提供するシミュレーションを活用し、返済計画と合わせて控除額を試算しておきましょう。

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相続時に利用できる減税制度

二世帯住宅を所有している場合、相続の際に大きな税負担を軽減できる制度に「小規模宅地等の特例」があります。これは、被相続人が居住していた自宅の土地を一定の親族が相続する際、その土地の評価額を大幅に減額できる仕組みで、330平方メートルまでの宅地の評価額を80％減らすことができます。

この特例を受けられるのは、相続人が次のいずれかの条件を満たしている場合です。

• 配偶者
• 被相続人と同居していた親族
• 独自の住宅を持っていない親族
• 生活費をともにしていた親族

二世帯住宅に住んでいて、これらの条件に該当するなら、土地の評価額を大きく下げられるため相続税の負担を減らせます。ただし、二世帯住宅でも、完全に分離して暮らしている場合や、区分登記をしていてそれぞれ別戸扱いとなっている場合は、この特例が使えないかもしれません。あくまで「同じ住宅に居住していた」と認められるかどうかが重要な判断基準になります。

二世帯住宅を相続する際には、固定資産税だけでなく相続税の軽減策も踏まえて準備しておきましょう。制度の適用可否や具体的な計算は複雑になるため、事前に税理士などの専門家へ相談しておくと安心です。

二世帯住宅の固定資産税に関するよくある質問

二世帯住宅の固定資産税に関するよくある質問をまとめました。

固定資産税とはどのような税金？

固定資産税とは、土地や建物を持つ限り毎年課される地方税で、評価額に税率をかけて求めます。税率は標準で1.4％ですが、各自治体の条例により変動します。課税対象は土地や家屋などで、市町村が評価額を決定し、３年ごとに見直されます。新築住宅や住宅用地には軽減措置もあり、実際の税額は条件次第で変化が大きくなるでしょう。納税通知書は毎年春に届き、年４回の分納が一般的です。

二世帯住宅は登記形態でどのような固定資産税の減税を受けられる？

単独登記か、共有登記か、区分登記なのか、さらに二世帯住宅が同居型か完全分離型かで異なり、以下のとおりの減税措置があります。

• 単独・共有登記：一戸扱い
  
  【土地】小規模住宅用地200平方メートルまでは、評価額が１／６　200平方メートルを超える部分は評価額が１／３
  
  【建物】延床120平方メートルまで税額１／２（原則３年、認定長期優良住宅は５年）


• 完全分離型で区分登記：二戸扱い
  
  【土地】軽減上限は400平方メートル
  
  【建物】240平方メートルまで１／２と優遇枠が倍増

ただし区分登記では、家の内部で行き来できないなどの要件があります。二世帯住宅の固定資産税は登記形態（単独・共有・区分）次第で「誰が納税するか」と「減税の効き方」が大きく変わります。そのため、資金負担や将来の相続も見据えて最適な登記方法を選ぶことが、税負担を抑える大切なポイントです。

二世帯住宅では、固定資産税は誰が負担する？

二世帯住宅の固定資産税の負担者は、登記形態で決まります。単独登記では名義人が支払い、共有登記なら持分割合に応じた分担です。ただし納税通知書は代表者に届き、実際の負担は家族間で調整されるでしょう。区分登記を選べば各世帯が独立して納税義務を持ち、共有登記なら全員が連帯して支払います。このように登記方法によって納税の仕組みが異なるため、二世帯住宅を建てる場合は、事前に家族で合意形成をしておきましょう。

二世帯住宅の固定資産税を支払う時の注意点は？

「軽減措置の申請」「納付期限の厳守」「相続時の名義変更」の３点です。まず、新築や購入時に受けられる軽減措置は自動的に適用されるわけではなく、所有者が自治体へ申請する必要があり、期限を過ぎると利用できません。そのため、申請を確実におこないましょう。

次に、固定資産税は高額になりやすいため、万が一支払いが遅れて延滞税が課された場合、通常の固定資産絵税に最大年率8.7％が上乗せされ、大きな負担につながる可能性があります。また、名義人が亡くなった場合には相続人全員に納税義務が生じ、居住していない相続人との間でトラブルになる場合も。2024年４月からは相続登記が義務化され、３年以内に名義変更をおこなわなければ過料の対象となるため、早めの手続きが不可欠です。これらの点を理解し、事前に準備しておくと余計な負担を避けられるでしょう。

二世帯住宅を建てる場合に利用できる税制優遇は？

二世帯住宅を建てる場合、固定資産税の軽減に加えて「不動産取得税」「住宅ローン控除」「小規模宅地等の特例」などさまざまな減税制度を活用できる可能性があります。完全分離型の場合、取得時には、不動産取得税で2,400万円まで評価額から控除でき、初期費用を大幅に抑えられるかもしれません。居住中は住宅ローン控除により、省エネ性能が高い住宅なら、年末ローン残高の0.7％が13年間所得税から差し引かれます。

さらに相続時、小規模宅地等の特例を利用すれば、330平方メートルまで土地評価額を80％減額でき、相続税負担を大きく軽減可能です。ただし、完全分離型や区分登記されている二世帯住宅では適用できない場合があるため注意しましょう。これらの制度は条件や計算が複雑なため、専門家への相談と計画的な活用が重要です。

まとめ

本記事では、二世帯住宅にかかる固定資産税の仕組みや計算方法、登記形態ごとの納税義務、土地や建物に適用される軽減措置を解説しました。また、二世帯住宅で利用できる優遇制度まで解説しているため、活用してみてください。なお、軽減制度は申請が必要なケースも多く、期限を守らなければ適用できません。二世帯住宅は登記の仕方や構造により、課税額や減税効果が大きく変わるため、建築前から理解しておくと有用です。