主人公の女子高生・ココネが父とふたりで暮らしている岡山県倉敷市は、神山監督自身がロケハンしている中で出会った町。「穏やかな瀬戸内海が広がって、太陽が眩しい。日本人の原風景のひとつと感じて、この物語の舞台に決めました」。
ココネの家が建つのは、本瓦葺きの屋根の家屋や土蔵など古い町並みが残る下津井のあたり、という設定。細い裏路地が規則性もなく伸びていて、坂道が多いのも「アニメの舞台にしやすかった」という。

「ココネの家は、実際下津井に多く建っている古い家々よりも少しだけ新しく、昭和に建てられたというコンセプトです。父は自動車工場を営んでいるので、家の隣にガレージを併設しました。自動車メーカーの色あせたホーローの看板があるような、古き良き田舎の工場で、のんびりとした独特の雰囲気を出したかった。劇中では『坂の上の自動車工場』と呼ばれていて、ガレージの奥や家の庭からは瀬戸内海と瀬戸大橋が見えます。とてもロケーションがいいので、もし実在したら素敵な家なんじゃないかな」

神山監督が悩んだのは、ココネの部屋の生活感をどのように表現するかだった。
「幼い頃に母を亡くし、祖父母がいたとはいえ、無骨な父に育てられたとすると……ココネは女の子が欲しがるものはあまり買ってもらえなかったんじゃないかな、と。あまり裕福な環境でもないですしね。ピンクの壁や椅子など、後天的に手に入れた女の子らしいものもあるけど、よく見ると部屋にあるチェス盤にはエンジンのバルブピンを駒にしたりして、ちょっと男の子っぽい小物も置いてあるんです」

ココネの育った環境は、ココネの夢の世界であるハートランドにも影響している。「ハートランドのイメージは、幼い頃にお父さんから聞いたおとぎ話がもとになっています。でも、実はそれはお父さんが若い頃に東京にいた頃のお話。それを知らないココネが自分の頭の中で想像しているから、建物は鉄でできていたり、お城がエンジンのシリンダーヘッドだったりする（笑）。だから、一般的に女の子が想像するおとぎ話の世界っぽくはないんです。その設定はスタッフと綿密にルールをつくって決めたところ。ファンタジーってどこか設定を楽しむ部分があるので、その設定がぶれないように、隙ができないように心がけました」