毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得の金額とそれに対する所得税等の額を計算し、税務署に申告し、納税する手続。2月中旬から3月上旬にかけて、税務署窓口、郵送、インターネット（e－Tax）で受け付ける。国税庁は、事務の合理化と混雑回避のため、e－Taxの利用を推奨している（申告内容によっては電子申告ができないケースもある）。

源泉徴収された税金や予定納税額などがある場合には、その過不足を精算する。給与の年間収入金額が2,000万円を超える者や、給与を1ヵ所から受けていて、かつ、その給与の全部が源泉徴収の対象となる場合において、各種の所得金額（給与所得、退職所得を除く）の合計額が20万円を超える者など、一定の者には確定申告の義務が生ずる。

住宅を購入した場合では、住宅ローンの返済利子分を複数年にわたって所得から控除できる（住宅ローン控除）ため、住宅を取得した勤労者にとっても利点が大きく、義務がなくても確定申告することが一般的である。

所有する不動産を売却した場合には、分離課税となり、譲渡所得から取得費用と譲渡費用を控除した額に課税される。

また、借家経営をしていて年間20万円以上の家賃収入がある場合には、申告の義務が生じる。